Em 2014, logo após assumir no primeiro mandato, Rui também fez uma reforma administrativa, extinguindo cargos comissionados e reestruturando e extinguindo órgãos como EBDA, Bahiatursa e Derba.
Com relação à reforma administrativa do novo mandato, o governador informou que pretende enxugar a máquina administrativa, por meio de corte de despesas com cargos comissionados e reestruturação de empresas e autarquias do Estado.

